農業部農產品質量安全中心是由中央機構編制委員會辦公室批準成立、國家認證認可監督管理委員會批準登記、農業部直屬正局級事業單位，專門從事無公害農產品認證工作。

    農業部農產品質量安全中心的主要職責是：貫徹執行國家關于農產品質量安全認證認可及合格評定方面的法律、法規和規章制度；發布認證標志和認證產品目錄；受理分中心認證審查報告，并向認證合格者頒發認證證書；辦理無公害農產品標志的使用手續，負責無公害農產品標志使用的監督管理；接受無公害農產品產地認定結果備案；對無公害農產品標志的印制單位進行委托和管理；開展無公害農產品質量安全認證的國際交流和合作；負責農業部農產品認證管理委員會的日常工作。

    農業部農產品質量安全中心內設辦公室、技術處、審核處、監督處四個職能部門，下設種植業產品、畜牧業產品和漁業產品三個認證分中心。根據認證工作的需要，遵循“擇優選用、業務委托、合理布局、協調規范”的原則，緊緊依托國家和農業部已有的檢測機構，建立遍布各省、覆蓋全國的無公害農產品認證檢測體系。

    農業部農產品質量安全中心將在國務院有關部門的領導下，在各省農業行政主管部門的支持配合下，嚴格按照國家有關法律、法規的規定，“公正規范、簡便高效”地開展無公害農產品認證和產地備案工作。