根據《無公害農產品管理辦法》(農業部、國家質檢總局第12號令)，無公害農產品認證分為產地認定和產品認證，產地認定由省級農業行政主管部門組織實施，產品認證由農業部農產品質量安全中心組織實施，認證工作接受國家認監委的業務指導和監督。目前無公害農產品認證工作已經形成了以農業部農產品質量安全中心為核心，以省、地、縣三級工作機構和檢查員隊伍為基礎，以檢測機構和評審專家隊伍為支撐的工作網絡。