有機農業生產中禁用的農藥有：
1、化學合成的殺蟲劑、殺菌劑、殺線蟲劑、殺鼠劑、熏蒸劑、除草劑、植物生長調節劑等。還包括化學合成的抗生素、制造農藥的有機溶劑、表面活性劑、用作種子包衣的塑料聚合體等。
2、基因工程有機體，包括基因工程微生物和其他生物及其產品。基因工程指重組DNA、細胞融合、基因缺失和復制、引進外來基因、改變基因位置等，不包括發酵、雜交、體外受精、組織培養。
3、其他禁用的還有高毒的阿維菌素、煙堿、礦物源農藥中的砷、冰晶石、石油(用作除草劑)等。