所謂工程是指將自然科學原理應用到工農業生產部門中去而形成的學科的總稱。綠色食品工程是指將農學、生態學、環境科學、營養學、衛生學等多學科的原理運用到食品的生產、加工、貯運、銷售以及相關的教育、科研等各環節，從而形成一個完整的無公害、無污染的優質食品的產供銷管理系統。
 
　　綠色食品工程注重生產基地、環境和食品監測、市場運行、科研教育等各子系統之間的結構和聯系，通過標志管理等方法，宏觀調控系統因子。各層次之間的平衡，使其達到一個完整的有機整體。以市場為先導；無污染的原料基地為基礎；環境監測、食品檢驗為保證；教育培訓、宣傳為推廣手段；依靠先進的科學技術，帶動生產條件的優化、耕作技術的改進，推動農業現代化進程，逐步實現經濟效益、社會效益、生態效益的良性循環，為我國的環境保護事業做出貢獻。