為了實現一次成功的審核，在有限的時間內收集審核證據，有效地完成審核任務，在審核活動的實施中，需對審核的全過程實施控制。對審核過程進行控制是審核組長的責任，審核組成員應積極配合。
審核過程的控制主要包括：
1、審核計劃的控制
審核計劃經審核委托方、審核組、受審核方同意確認。通常情況下，審核期間，審核組原則上應按審核計劃確定的日程安排實施審核，對審核進度進行控制。特殊情況下，如出現原來沒有估計到的非受控因素的影響，諸如關鍵人員緊急出差、停電、停水或其他意外而導致生產或服務現場無法正常運作等，可對計劃作適當調整。計劃調整后應與審核組成員及受審核方及時溝通。但應注意不要任意脫離計劃實施審核。
保證按計劃實施審核的關鍵，是要掌握好對每個部門或過程的審核節奏。審核員要注意控制審核時間，不要偏離審核線索。在現場審核中，充分利用檢查表是控制審核計劃實施進度的有效方法。這需要根據在該部門審核時規定的總時間，掌握好審核該部門中每個要素所占的時間長短。如果所制訂的審核計劃在實際審核中確實存在某些不周密情況，需要調整時，經過審核雙方同意后可以作必要的調整，但總的審核時間一般情況下不宜變更。
2、審核活動的控制
審核過程中，審核員應依據審核計劃，按檢查表預先策劃的審核路線、方法實施審核活動，應注意控制審核進度及以下幾個方面：
（1） 明確總體、合理抽樣。
審核的最基本的方法是抽樣，但抽樣帶有風險性，故需科學合理抽樣。審核員在編制檢查表時就應明確審核的對象和抽樣的總體，并對擬抽取的樣本進行策劃。
在現場審核中，審核員應根據實際情況明確總體、隨機抽樣，確保抽取樣本的合理性、代表性，以獲得審核所需的審核證據。當有線索表明受審核方管理體系存在異常情況時，應追蹤審核。
（2） 辨識關鍵過程注重有效性證據。
審核員應通過審核準備和查閱文件、觀察和調查，并借助審核組內技術專家或專業審核員的指導，辨別影響體系運行有效性的關鍵崗位和主要問題，評定影響過程的主要因素。
在現場審核過程中，審核員應始終保持對審核信息的敏感性，關注過程控制的結果及過程的有效性，注重對有效性證據的收集。
（3） 注意相關影響。
審核過程中往往需要進行分組審核。通常每一位審核員所接觸的只是受審核方管理體系、過程或產品的一部分，因此，每位審核員須注意各過程、活動之間的相互作用、影響、因果關系及共性問題等，對所收集的信息進行綜合分析，應注意審核組內各小組之間的信息傳遞與溝通。
（4） 審核客觀性控制。
由于行業和活動特點的不同，不同的組織、不同的產品類別對管理體系各項活動的控制方法是不一樣的。審核組長應提醒審核組員時刻保持客觀態度，不要把主觀猜測和腌斷作為審核證據。
在審核過程中，應以標準、適用的法律法規、管理體系文件化信息和其他要求等作為審核準則，避免以自己的想法和經驗作為審核準則，將自己的想法強加給受審核方，主觀武斷和形式主義，保持審核的公正性和客觀性。審核員應重視控制效果，避免主觀武斷、形式主義。
（5） 審核氣氛的控制。
審核過程中營造良好的氣氛十分重要。這是審核組全體成員的職責。
在審核過程中， 審核員應尊重受審核方，始終保持耐心和禮貌，不介入受審核方的內部矛盾，正確對待受審核方的各種態度，營造良好的審核氣氛， 使審核在融洽、坦誠、和諧的氛圍中進行，保持審核的客觀性和公正性。
（6） 審核規范紀律的控制。
審核任務由審核組全體成員共同完成。審核組成員之間應具有團結協作的工作作風，及時交流和溝通，相互配合和支持，以順利實現審核目標。
審核員在審核過程中應遵守行為準則規范，如守時、禮貌、公正、保密等。審核組長應時刻注意控制審核工作的進展情況，關注審核員的表現，一旦發現有違反審核紀律或不利于審核正常進行的言行應及時提醒改正，對審核中不應該出現的緊張氣氛或過千潦草等情況，應及時采取適當的措施進行糾正。
3、審核結果的控制
審核應以可追溯的客觀事實為基礎，以審核準則為依據，應在規定的審核領域、范圍內從事審核；
對所發現的不符合，應以客觀事實作依據，并得到受審核方理解、確認；
審核組長對審核的全過程予以控制，對審核發現、審核結論應在審核組內部充分論，達成共識，作出公正、客觀的結論。
