HACCP認證初次認證審核分為兩個階段實施：第一階段和第二階段。
第一階段審核
第一階段審核的目的是調查認證委托人是否已具備實施認證審核的條件和確定第二階段審核的關注點，第一階段審核應關注但不限于以下方面內容：
（1）收集關于認證委托人的HACCP體系范圍、過程和場所的必要信息，以及相關的法律、法規、標準要求和遵守情況；
（2）充分識別委托加工等生產活動對食品安全的影響程度；初步評價認證委托人廠區環境、廠房及設施、設備、人員、衛生管理等是否符合相對應的良好生產/衛生規范的要求；
（3）了解認證委托人對認證標準要求的理解，評審認證委托人的HACCP體系文件和食品安全方針的適宜性。重點評審認證委托人體系文件的符合性、適宜性，特別關注關鍵控制點、關鍵限值的確定及其支持性證據。
（4）了解認證委托人的HACCP體系和現場運作，評價認證委托人的內部審核、管理評審、運作場所和現場的具體情況及體系的實施程度，確認認證委托人是否已為第二階段審核做好準備，并與認證委托人商定第二階段審核的細節，明確審核范圍，為策劃第二階段審核提供關注點。
第一階段應在認證委托人現場實施，以達到第一階段的審核目的。當認證委托人已獲得同一認證機構頒發的其他以HACCP原理為核心的食品安全相關認證證書，且證書有效時，認證機構經過風險評估后，第一階段可不在現場實施，但應確保第一階段的目的已全部實現，且記錄未在現場實施的原因。
應告知認證委托人第一階段的審核結果可能導致推遲或取消第二階段審核。
第二階段審核
第二階段審核應在認證委托人現場實施，目的是評價認證委托人HACCP體系實施的符合性和有效性。
第二階段審核應在具備實施認證審核的條件下進行，第一階段審核提出的影響實施第二階段審核的問題應在第二階段審核前得到解決。
第二階段審核應重點關注但不限于以下方面內容：
（1）與認證依據文件中所有要求的符合性；
（2）與我國和進口國（地區）適用法律、法規及標準的符合性，以及出口食品生產企業安全衛生要求的符合性（適用時）；
（3）管理職責的履行、食品安全方針的貫徹、目標的達成；
（4）HACCP體系范圍內對應產品的良好生產/衛生規范要求的符合性；
（5）前提計劃及HACCP計劃實施的有效性，對產品食品安全危害的控制能力；
（6）原輔料及與食品接觸材料的食品安全危害識別的充分性和控制的有效性；
（7）生產過程中對食品安全危害控制的有效性；
（8）產品可追溯性體系的建立及不合格產品的控制；
（9）食品安全驗證活動的有效性及食品安全狀況；
（10）認證委托人對投訴的處理；
（11）內部審核和管理評審。
對于第一階段審核過的HACCP體系的相應部分，被確定為實施充分有效并符合要求的，第二階段可以不再對其審核，但認證機構應確保HACCP體系已審核的部分持續符合認證要求。第二階段的審核報告應包含第一階段審核中的審核發現，并且應清楚地表述第一階段審核已經確立的符合性。
第一階段和第二階段審核的間隔應不超過6個月。如果超過6個月，應重新實施第一階段審核。
在審核中應通過適當的抽樣來獲取與審核目的、范圍和準則相關的信息并進行驗證，使之成為審核證據。信息獲取方法可包括面談、觀察、文件和記錄的審查等。
審核組應確定審核發現（概述符合性并詳細描述不符合），并予以分級和報告，為認證決定或保持認證提供充分的信息。
對于審核中發現的不符合，認證機構應出具書面不符合報告，要求認證委托人在規定的期限內分析原因、說明為消除不符合已采取或擬采取的具體糾正和糾正措施，并提出明確的驗證要求。認證機構應評審認證委托人提交的糾正和糾正措施，以確定其是否可接受。認證委托人對不符合采取糾正和糾正措施的時間不得超過3個月。
審核組應對在第一階段和第二階段審核中收集的所有信息和證據進行分析，以評審審核發現并就審核結論達成一致。
審核組應為每次審核編寫書面審核報告，認證機構應向認證委托人提供審核報告。認證機構如須向行業主管部門或其他第三方提供審核報告時，應獲得認證委托人同意。審核報告應提供對審核的準確、簡明和清晰的記錄，為認證決定提供充分的信息，并應包括或引用下列內容：
（1）認證委托人的名稱、場所、地址和審核范圍；
（2）審核的類型、準則和目的；
（3）審核組組長、審核組成員及其個人注冊信息；
（4） 審核活動的實施日期和地點，包括固定現場和臨時現場；
（5）對偏離審核計劃情況的說明，包括對審核風險及影響審核結論的不確定性的客觀陳述；
（6）與審核類型的要求一致的審核發現、對審核證據的引用及審核結論，特別是對食品安全危害控制措施實施有效性的評價；
（7）發現的不符合項和其他未解決的問題；
（8）適用時，在上次審核后發生的影響客戶HACCP體系的重要變更；
（9）審核組的推薦意見。
