食品企業在執行HACCP食品安全管理體系系統時，必須要進行HACCP體系的驗證，在HACCP驗證過程中，對于微生物的危害分析，企業必須利用自己的實驗室進行必須的驗證，同時相關關鍵控制點的驗證也必須借助于微生物檢測的結果進行分析與評估。微生物檢測在HACCP體系運行過程中的應用主要有：原輔材料微生物檢測。HACCP在生產過程運行時的微生物檢測，成品出廠微生物檢測，實施追溯和召回時實施的微生物檢測。可以微生物檢測技術是實施HACCP食品安全管理體系的一個有力的、必不可少的工具。體系驗證及風險評估時需要利用微生物檢測技術，危害程度評估時需要利用微生物檢測技術，清洗消毒效果驗證時需要利用微生物檢測技術。？通過微生物檢測的數據，可以有效地分析當生產不能得到有效控制或預防措施未能有效降低細菌水平的時候，公司能夠識別危害及危害的根源。從而更好地預防食品危害的發生，而單純的最終產品測試效果就差得多了。例如，對于生肉和家禽的細菌含量水平，就沒有充分的數據用來判斷什么情況是可接受"的。因而，最終產品測試結果不能提供有用的數據，更不用說趨勢分析，除了能證明當時的細菌的含量之外，它不能解決、識別并消除食品污染問題。