認(rèn)證機(jī)構(gòu)作為第三方認(rèn)證的基本程序一般包括三個(gè)階段：認(rèn)證資料審核受理、現(xiàn)場(chǎng)審核、糾正措施及跟蹤、認(rèn)證審核報(bào)告、認(rèn)證后的監(jiān)督。

    企業(yè)根據(jù)自己的實(shí)際情況，按照規(guī)定提出認(rèn)證申請(qǐng)，填寫《HACCP體系認(rèn)證申請(qǐng)書》。在提出申請(qǐng)的同時(shí)應(yīng)按認(rèn)證機(jī)構(gòu)的要求提交相關(guān)資料。認(rèn)證機(jī)構(gòu)對(duì)申請(qǐng)企業(yè)所遞交的資料進(jìn)行初步審核，決定是否受理其認(rèn)證申請(qǐng)。認(rèn)證文件資料的審核簡(jiǎn)稱文審。文審是進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)審核的基礎(chǔ)。經(jīng)資料初審可接受申請(qǐng)的，雙方須簽訂認(rèn)證合同，不予受理認(rèn)證的，認(rèn)證機(jī)構(gòu)應(yīng)發(fā)放不予接受申請(qǐng)的通知書。
簽訂認(rèn)證合同后，認(rèn)證機(jī)構(gòu)組建審核小組，進(jìn)入資料技術(shù)審核階段。文件資料審核主要是對(duì)其符合性、系統(tǒng)性、充分性、適宜性、協(xié)調(diào)性進(jìn)行的審核。根據(jù)審核情況，決定是否赴企業(yè)進(jìn)行初訪，初步了解企業(yè)HACCP體系運(yùn)作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎(chǔ)上，編制HACCP體系現(xiàn)場(chǎng)審核計(jì)劃。

    審核組由組長(zhǎng)、審核員、專業(yè)審核員組成，組內(nèi)至少配備一名有相關(guān)專業(yè)能力的成員。  審核組要參加企業(yè)的見面會(huì)，按計(jì)劃或方案進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)審核。通過(guò)現(xiàn)場(chǎng)觀察、記錄審查、提問  抽查等方法，應(yīng)對(duì)現(xiàn)場(chǎng)審核提出評(píng)審意見，歸結(jié)審核證據(jù)，溝通審核結(jié)果，編寫認(rèn)證審核報(bào)告。

    審核結(jié)論包括三種情況：推薦認(rèn)證通過(guò)；推遲認(rèn)證通過(guò)；不推薦認(rèn)證通過(guò)。
在HACCP的認(rèn)證過(guò)程中，糾正措施一般有現(xiàn)場(chǎng)跟蹤驗(yàn)證；對(duì)糾正措施的實(shí)施記錄追蹤檢查；對(duì)糾正措施實(shí)施方案的跟蹤。要求三個(gè)月內(nèi)完成糾正措施。
根據(jù)《認(rèn)證機(jī)構(gòu)實(shí)施HACCP質(zhì)量體系認(rèn)證的認(rèn)可基本（試行）》的規(guī)定，認(rèn)證機(jī)構(gòu)需每年組織全部體系進(jìn)行一次復(fù)評(píng)，復(fù)評(píng)至少包括一次文件審查和一次現(xiàn)場(chǎng)審核。認(rèn)證機(jī)構(gòu)可對(duì)獲證企業(yè)進(jìn)行監(jiān)督審核，通常為半年一次，監(jiān)督企業(yè)實(shí)施HACCP體系。

    2001年，按照國(guó)務(wù)院的授權(quán)，認(rèn)證認(rèn)可管理職能交給國(guó)家認(rèn)證可監(jiān)督管理委員會(huì)承擔(dān)，HACCP體系認(rèn)證工作實(shí)行了依法管理。2002年5月，我國(guó)強(qiáng)制性要求六類產(chǎn)品生產(chǎn)出口企業(yè)，即生產(chǎn)水產(chǎn)品、肉及肉制品、速凍蔬菜、果蔬汁、含肉及水產(chǎn)品的速凍食品、罐頭產(chǎn)品的企業(yè)實(shí)施HACCP體系，這一要求標(biāo)志著我國(guó)在食品企業(yè)應(yīng)用HACCP體系進(jìn)入了強(qiáng)制性實(shí)施階段。